Домовая яма не обязательно должна быть размером под весь дом. Яма могла остаться от подпола где хранили продукты, а так как раз больше чем 3 на 3 не надо. Зачем рыть большую яму под весь сруб? Чтобы там вода постоянно стояла?
Не путайте с современными домами. Пол настилался у зажиточных, только в том случае было подполье. В большинстве своем полы были земляные. Заготовки на зиму хранились в отдельно стоящих погребах и ледниках, кстати у них размеры примерно такие же и четко выраженная яма.